В края на ХІV в. Добруджа е включена в пределите на Османската империя. Чуждото владичество продължава пет столетия. През този период в областта протичат интензивни демографски процеси. Османо-турската колонизация от ХV–ХVІІ в. и преселването на българско население през ХVІІІ–ХІХ в. налагат съжителството на различни етно-религиозни и етнографски общности и групи в региона.
През Възраждането Добруджа участва в борбите на българския народ за новобългарска просвета, църковна независимост и национално освобождение.
Отдел История на българските земи ХV–ХІХ в. е създаден през 1973 г. Във фондовете му се съхраняват музейни ценности, които представят историята на Добруджа през посочения период. Особено впечатляват колекциите Икони от Добруджа ХVІІ-ХІХ в.; Възрожденски книги; Църковна утвар и Оръжие. Отделът разполага и с богат научен архив за християнски църкви, мюсюлмански храмове и двуобредни светилища от Добруджа.